Sebagai sekolah dasar berbasis Islam, SD Ar Rafi’ terus berupaya melakukan terobosan dengan menambah sarana dan prasarana media pembelajaran Agama berupa Laboratorium PAI yang didalamnya menyediakan berbagai media pembelajaran Agama seperti buku-buku, alat peraga dan CD multimedia. Dengan adanya laboratorium tersebut diharapkan berbagai referensi tentang pembelajaran dan pendidikan agama Islam tersedia dan mudah diakses.

2.   Pembiasaan Ikrar dan Shalat Dhuha

Kegiatan ini dimaksudkan agar peserta didik terbiasa melaksanakan berbagai aktifitas dengan terlebih dahulu membaca do’a dan ikrar juga pembiasaan shalat sunat dhuha dapat melatih peserta didik agar mencintai sunah Rasullullah Saw.

3.   Kegiatan Muroja’ah Pagi

4.   Pembelajaran PAI Berbasis Tema Ibadah

5.   Pembelajaran Tilawah Al Qur’an Metode “Tilawati”

6.   Sanlat dan Mabit

7.   Peringatan Hari Besar Islam

8.   Program “Tusejan” lima ratus sebelum jajan

9.   Program “Busepat” lima ribu sebelum rapat

10. Program Celengan Qurban

11. Bazar Murah Ramadhan

12. Berbagi kepada Sesama

13. Program Tausiyah Peserta Didik

14. Program Tausiyah Guru

15. Pembiasaan Shalat berjama’ah Fardu dan Shalat Jum’at

16. Pin Muroja’ah

17. Pentingnya hafal dan Mmahami Bacaan Shalat

18. Saptalomba Pendidikan Agama Islam